Sujet 4 : Étude de la végétation côtière du bassin Est de l’étang Z’Abricot en Martinique

La Martinique occupe le 20ème rang des surfaces de mangrove de l’outre-mer français. 20 % des mangroves ont été perdues entre 1980 et 2003 dans le monde d’après la FAO. Dans le cas de la Caraïbe, cet écosystème est menacé par le développement des infrastructures urbaines.


La restauration de milieux côtiers dégradés est devenue un enjeu majeur pour la préservation de la biodiversité. L’étude de la végétation du bassin Est de l’étang Z’Abricot entre dans le cadre d’un projet de restauration à moyen, voire long terme. Il s’agit ici d’étudier une mangrove située à l’Est du port de plaisance Etang Z’Abricot, au Nord de la baie de Fort-de-France. Ce port de 340 anneaux, régi par la Communauté d’Agglomération du Centre de la Martinique (CACEM), est protégé des clapots et de la houle par cette mangrove. Cette dernière se termine en triangle et donnant sur la pointe des sables. De part et d’autre, les fonds atteignent rapidement 7 à 8 m, ce qui place ce site dans une zone à fort hydrodynamisme.

Contact : maguy.dulormne@univ-antilles.fr

Ce stage n'est plus disponible

Sujet 3 : Utilisation de la photo-identification dans le suivi d’espèces

Utilisation de la photo-identification dans le cas du suivi de populations sauvages 

de poissons et reptiles

Contexte:

Le suivi de population implique souvent la capture et le marquage de l’animal. L’utilisation de la photo-identification comme technique CMR présente l’avantage d’être moins invasive et ne requière pas la capture de l’individu. Cette technique est utilisée depuis plusieurs années pour le suivi de populations animales diverses comme les cétacés, les salamandres, les tortues marines. L’utilisation de logiciels spécialement dédiés à l’analyse de photos devrait permettre l’utilisation de cette technique sur de nouvelles espèces.

Objectif:

L’objectif de ce projet est de tester la photo-identification sur deux espèces animales (poisson et reptile) afin de valider si l’utilisation de cette technique permettrait de pouvoir effectuer un suivi CMR de ces espèces

Matériel et Méthodes:

Le stage s'effectue en Martinique, au sein d'Aquasearch (Sainte-Luce). Plusieurs protocoles seront appliqués :

- prise de photos sur le terrain (terre et mer),
- prise de données complémentaires aux photos réalisées sur le terrain,
- récupération, classement et stockage des données sur supports dédiés,
En parallèle de la poursuite de la collecte des données et de leur traitement en BDD, l’analyse des bases de données créées sera à initier.
Compétences requises:
Sens de l’observation, aisance avec les outils numériques et l’analyse statistique. Des niveaux de plongée seraient un plus.
Encadrement:
Le stagiaire sera co-encadré par:
Benjamin de Montgolfier, co-directeur, Aquasearch - Nathalie Duporge, co-directrice, Aquasearch
Aurore Feunteun, co-directrice, Aquasearch

Personne contact:
Benjamin de Montgolfier, directeur Aquasearch Courriel: contact@aquasearch.fr
Merci d'adresser votre candidature par mail uniquement (CV et lettre de motivation) à la personne contact. Veuillez prendre note que toute candidature incomplète ne sera pas traitée.

Sujet 2 : Suivi de la population de dauphins tachetés pantropicaux

Suivi de la population de dauphins tachetés pantropicaux (Stenella attenuata) et de leurs déplacements au sein du sanctuaire Agoa par photo-identification.

Contexte:

On récence plus de 25 espèces de cétacés au sein du sanctuaire Agoa. Parmi elles, certaines sont observables quotidiennement et d'autres de façon occasionnelle. Peu de données sont disponibles concernant les déplacements des groupes de cétacés dans la Caraïbe. Les dauphins tachetés pantropicaux sont considérés comme résidents dans le sanctuaire Agoa. Des groupes sont quotidiennement observés aussi bien en Martinique qu’en Guadeloupe.

Objectif:

L’objectif de cette étude est donc de poursuivre l'élaboration de catalogue de photo-identification et de comparer les individus entre la Martinique et la Guadeloupe.

Matériel et Méthodes:

Le stage s'effectue en Guadeloupe, au sein de l’OMMAG (Port Louis).

Lors de chaque observation de cétacés en mer, des photos et vidéos sont prises pour évaluer le comportement des animaux. Elles sont ensuite analysées, répertoriées et stockées. Lorsqu'il n'y a pas de sortie en mer, un travail de classement et analyse des données est effectué.

Encadrement:

Le stagiaire sera encadré par:
Benjamin de Montgolfier Aquasearch (Co-directeur de stage)
Laurent Bouveret, OMMAG (Co-directeur de stage)

Personne contact:
Benjamin de Montgolfier, directeur Aquasearch Courriel: contact@aquasearch.fr
Merci d'adresser votre candidature (CV et lettre de motivation) à la personne contact.
Veuillez prendre note que toute candidature incomplète ne sera pas traitée.

Sujet 1 : Analyse de l'évapotranspiration et de la contamination de la jacinthe d'eau sur l'étang Gaschet

Originaire du bassin amazonien, la Jacinthe d’eau (Eichhornia crassipes) est considérée comme un fléau à l’échelle mondiale. Commune en Guadeloupe, elle est en voie d’expansion dans la retenue d’eau de Gaschet (Nord Grande-Terre, communes de Port-Louis et Petit-Canal). Sur les sites envahis, il est fréquent de devoir gérer plusieurs centaines de tonnes de matière fraîche à l’hectare.

Avec une capacité de 2 672 000 m3, il s’agit du plus grand réservoir d'eau douce de Guadeloupe. Sur près de 6ha, la transpiration de jacinthe semble constituer une sortie d'eau conséquente dans l'étang. Les premières estimations seraient de 277 000 m3 d’eau transpirée en 4 mois en saison sèche. L'objectif de ce travail sera d'évaluer : 1- les sorties d'eau douce du réservoir par évapotranspiration et 2 - le niveau de contamination en métaux lourds et molécules de pesticides de la jacinthe. 

CE STAGE N’EST PLUS DISPONIBLE, il a été attribué

Contact : maguy.dulormne@univ-antilles.fr

BONJOUR A LA PROMO 2019-2020 !

Comme les années précédentes, ce blog est conçu pour vous aider dans le choix de votre stage de M1 du master BEE (ECOTROP). Les sujets qui sont ouverts cette année sont ceux qui apparaîtront au dessus de ce message et seront affichés en temps réel...venez-y très régulièrement.
Si vous êtres intéressés, vous pouvez prendre contact avec le proposant, dont le mail figure dans l'annonce.

Sujet 6 : Ce que la structure forestière doit aux cyclones

Le stage proposé doit permettre de caractériser la réaction de la régénération installée aux effets du cyclone Maria. On veut notamment tester l’hypothèse selon laquelle les cyclones majeurs déterminent un recrutement massif dans la strate des juvéniles (Imbert et al., 1998).

Méthodologie/ moyens mis en œuvre

Deux parcelles du réseau mis en place conjointement par le Parc national de la Guadeloupe, l’Office national des Forêts et l’Université des Antilles, seront étudiées et comparées. On réalisera des relevés photographiques systématiques sur des espaces de quelques m². Les repères mis en place dans les parcelles permettront de localiser et de baliser très précisément les relevés de sorte qu’on pourra les répéter dans le temps. Compte tenu de la rapidité probable des cinétiques attendues, les données initiales devront être collectées avant le début du stage. Les données recueillies feront l’objet de traitements statistiques et le cas échéant de modélisation.

Encadrant : alain.rousteau@univ-antilles.fr

Sujet 5 : Étude de la répartition spatiale et altitudinale de Melipona variegatipes Gribodo, 1893 sur la Basse-Terre de Guadeloupe (Insecta, Apidae)

La Mélipone à pattes bigarrées est une petite abeille sociale, sans dard, qui vit en colonies dans les arbres creux. Cette espèce est endémique de la Guadeloupe et seule représentante antillaise d’un genre comptant 40 espèces, sur le continent voisin. Elle produit un miel à haute valeur thérapeutique et subit une cueillette de la part des populations, qui risque de mettre en danger les populations existantes. Dans l’éventualité de pouvoir développer une méliponiculture raisonnée et de garantir la conservation de cette espèce patrimoniale, une étude sur la biologie et l’écologie de la mélipone est actuellement en cours. Cette étude est financée par le FEDER et la DEAL  971, avec le Parc National et l’Apigua comme partenaires.

Il est proposé dans le cadre du stage de répondre aux deux objectifs suivants, faisant intervenir à la fois des qualités d’observateur de terrain et d’analyse des résultats.

1. Prospection et recherche des populations de Mélipone selon un gradient d’altitude et  dans les 5 séries de végétation, en côte-sous-le-vent et en côte-au-vent, et recherche des colonies sauvages. Cette partie consiste a parcourir un transect dans les deux ensemble sous-le-vent et au vent de la Basse-Terre et a noter les coordonnées géographiques des stations où l’espèce est présente.

2. Relevé des espèces végétales exploitées par cette espèce le long de ces gradients d’altitude (nectar, pollen et cire), et phénologie. Cette partie comprend l’identification des espèces végétales ainsi que l’observation directe des ressources prélevées par les mélipones au cours de la journée.

Ces deux recherches peuvent être menées simultanément, par deux (ou plusieurs) opérateurs, à un rythmer journalier. Pour les besoins de cette recherche, une formation sera dispensée aux étudiants intéressés, qui leur permettra de travailler en autonomie. A l’issue de ce travail, il sera demandé un court rapport d’étude comprenant les matériels et méthodes, les résultats, une cartographie, une base de données rassemblant les informations relevées, mais également les contraintes et difficultés rencontrées, ainsi que les propositions d’améliorations.

Il s’agit ici d’un stage essentiellement naturaliste, qui vise à parfaire les connaissances sur une espèce qui n’a jamais été étudiée auparavant. Bien entendu, il est envisageable de poursuivre cette étude durant l’année de M2.

Contact: François MEURGEY francoismeurgey@gmail.com

Sujet 4 : Nature des espèces de la niche infectieuse de Colleotrichum gloeosporioides dans la flore naturelle et association avec les autres membres de la communauté fongique associée

Colletotrichum gloeosporioides est un champignon de répartition mondiale avec une affinité pour une énorme diversité d’hôtes. Nos résultats récents montrent que les souches échantillonnées sur ignames en Guadeloupe semblent provenir d’hôtes proches des parcelles cultivées. L’objectif principal de ce stage sera donc d’identifier les espèces de la végétation naturelle qui hébergent Colletotrichum, par des prélèvements sur le terrain (INRA et parcelles proches de Petit Bourg) et mise en culture des souches échantillonnées. En deuxième objectif, il s’agira d’identifier les autres espèces de champignons présents sur la végétation, et se trouvant en association récurrente avec les Colletotrichum.

Méthodologie/ moyens mis en œuvre

- Identification de la végétation naturelle (Basse Terre)

- Prélèvement de feuilles et protocole de mise en culture

- Identification des champignons collectés

- Analyse de présence/absence de Colletotrichum et de son association avec les autres espèces fongiques dans l’environnement

Contact : laurent.penet@antilles.inra.fr 

 

Sujet 3 : Nature des espèces de la niche infectieuse de Colleotrichum gloeosporioides dans la flore adventice et association avec les autres membres de la communauté fongique associée

Colletotrichum gloeosporioides est un champignon de répartition mondiale avec une affinité pour une énorme diversité d’hôtes. Nos résultats récents montrent que les souches échantillonnées sur ignames en Guadeloupe semblent provenir d’hôtes proches des parcelles cultivées. L’objectif principal de ce stage sera donc d’identifier les espèces de la flore adventice qui hébergent Colletotrichum, par des prélèvements sur le terrain (INRA et parcelles proches de Petit Bourg) et mise en culture des souches échantillonnées. En deuxième objectif, il s’agira d’identifier les autres espèces de champignons présents sur la flore adventice, et se trouvant en association récurrente avec les Colletotrichum.

Méthodologie/ moyens mis en œuvre :

 - Identification de la flore adventice des champs sur Basse Terre, ainsi que des espèces arbustives et les arbres de bordure des parcelles

- Prélèvement de feuilles et protocole de mise en culture

- Identification des champignons collectés

- Analyse de présence/absence de Colletotrichum et de son association avec les autres espèces fongiques dans l’environnement

Contact : laurent.penet@antilles.inra.fr

Sujet 2 : L'iguane des Petites Antilles Iguana delicatissima en Guadeloupe, état des populations résiduelles du Sud Basse-Terre

L’iguane des Petites Antilles (Iguana delicatissima) est une espèce endémique de l’arc Antillais que l’on retrouve depuis Anguilla au nord jusqu’à la Martinique au sud. Cette espèce a été classée en danger d’extinction par l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN, 2010) en raison du développement important de l’iguane commun (Iguana iguana) sur ces îles qui entraîne un phénomène d’hybridation entre les deux espèces au profit de l’espèce invasive et une disparition progressive de l’espèce endémique. En Guadeloupe, l’iguane des Petites Antilles a disparu de St- Martin, de Grande-Terre, des Saintes et de Marie-Galante, tandis que la Désirade et Petite Terre hébergent encore des populations viables d’iguane des Petites Antilles sans contact avec l’iguane commun. En revanche, la Basse-Terre n’héberge plus que des populations résiduelles non-viables d’iguane des Petites Antilles, largement en contact avec des populations d’iguanes communs et d’hybrides.

L’objectif de ce stage sur le terrain est d’obtenir un état des lieux des dernières populations d’iguanes des Petites Antilles du Sud Basse-Terre (état sanitaire, densité, sex-ratio, présence de juvéniles, sites de ponte, niveau d’hybridation), et d’en dresser l’inventaire sur cartographie SIG.

Contrainte : les frais d’essence seront à la charge du laboratoire, mais l’étudiant devra disposer d’un véhicule personnel pour les déplacements quotidiens sur le terrain. 

Contact : jerome.guerlotte@univ-antilles.fr

Sujet 1 : Recherche de bioindicateur de la contamination par les tributylétains (TBT): l'imposex chez les mollusques marins guadeloupéens

Les pesticides peuvent être des perturbateurs endocriniens. L'induction d'un pseudohermaphrodisme chez le gastéropode gonochorique Nucella lapillus est l'exemple le plus emblématique de perturbation endocrinienne dans l'environnement marin, associe directement à une substance chimique connue. Smith (1971) a été le premier à donner le nom d'imposex à ce phénomène qui est associé au développement d'un organe male chez un individu femelle gastéropode. Les recherches ont ensuite associé ce phénomène à la présence de TBT dans les eaux côtières qui induit un dérèglement de la production et de la sécrétion des hormones (Bryan et Gibbs, 1991).

Ce stage a pour but d’aller prélever des gastéropodes marins (plusieurs espèces)  et de vérifier la présence d’imposex en Guadeloupe  sur ces organismes. Des prélèvements sur le terrain dans différentes zone de marina ou port sont prévus ainsi que de nombreuses dissections sur les organisme avant de classer et mesurer le taux d’imposex.

Contact : Mme Soazig Lemoine, soazig.lemoine@univ-antilles.fr

 

BIENVENUE A LA PROMOTION 2017-2018 !!

Bonjour à tous

Comme les années précédentes, ce blog est conçu pour vous aider dans le choix de votre stage de M1 du master ECOTROP. Les sujets qui sont ouverts cette année sont ceux qui apparaitront au dessus de ce message et seront affichés en temps réel...venez-y très régulièrement.
Pour information, les dates des stages cette année sont du lundi 15 Janvier au samedi 24 Février 2018.

Sujet 17 : Caractérisation des collections bovines

Ce stage comporte une phase d'inventaire et de classement des collections de matériel biologique bovin du CRB CARARE, en allant jusqu'à l'étude de critères "descriptifs" des collections ("phénotypes" et "génotypes"). Il comportera probablement une part de biologie moléculaire, pour des extractions d'ADN avant génotypage. Différentes opérations seront donc à réaliser, depuis la réception et le tri d'échantillons, la saisie d'information dans la base de données pour différents critères descriptifs des collections, et quelques manipulations d'échantillons en vue de leur exploitation.

Encadrant : Michel Naves, michel.naves@antilles.inra.fr

Sujet 16 : Actualisation de la base de données des collections du CRB CARARE

Actualisation de la base de données des collections du CRB CARARE (Caribbean Animal Genetic Resources) suivant le cahier des charges du réseau CRB-Anim.
Le stage sera l'occasion de mettre en forme la BDD du CRB CARARE suivant le cahier des charges du réseau national des CRB animaux, pour tout type d'échantillons (sang, sérum, sperme, embryons, tissus,...) et toute espèce (bovin, ovin, caprin et porcins). Le cahier des charges fait appel a différentes notions de taxonomie, biologie, ontologie et il faudra renseigner les critères de description des différentes collections stockées au CRB, par rapport au référentiel du réseau CRB Anim.

Encadrant: Michel Naves,  michel.Naves@antilles.inra.fr

Sujet 15 : Suivi comparatif de la croissance de lignées de tournesol, évaluation de l’impact de l’itinéraire technique sur la flore et la faune spontanées

La Plateforme Expérimentale du végétal et des agrosystèmes innovants (UE PEYI) du Centre Antilles-Guyane de l’Institut National de la Recherche Agronomique participe depuis plus de vingt à des travaux de recherche conduits autour de l’amélioration variétale du tournesol (Helianthus annuus). Cette plante annuelle de cycle court qui est principalement cultivée dans l’hexagone et dans d’autres pays tempérés, pour la production d’huiles alimentaires, s’adapte parfaitement aux conditions tropicales sous réserve que l’on puisse la protéger d’un certain nombre de bioagresseurs susceptibles d’affecter le développement de la culture. Dans le cadre des programmes d’amélioration variétale du Laboratoire des Interactions Plantes Micro-organismes (LIPM : http://www6.toulouse.inra.fr/lipm) basé à Toulouse, l’UE PEYI offre des conditions idéales pour gagner une génération de multiplication pour des essais classiquement conduits en milieu tempéré. L’objectif de ces essais conduits sur le domaine de l’UE PEYI à Godet sur le territoire de la commune de Petit-Canal est donc de gagner une saison de production en la délocalisant en milieu tropical pendant la saison hivernale, de manière à faire évoluer deux fois plus vite (mise à profit de la contre-saison), les choix que l’on peut faire sur les différents génotypes évalués. Le travail étant complètement organisé autour du matériel génétique proposé par le LIPM, l’itinéraire technique qui est suivi a pour but premier de multiplier les lignées prometteuses de tournesol en limitant les risques d’incidence du pathosystème environnant. Les essais sont donc conduits selon des méthodes agricoles conventionnelles en utilisant des engrais minéraux et un certain nombre de molécules biocides, autant d’intrants de synthèse susceptibles d’affecter la vie biologique du sol.

Le stage proposé a donc comme objectif :

1)      de suivre l’évolution de la croissance et du développement des différentes lignées proposées par le LIPM ;

2)      de contrôler l’impact des biocides de synthèse sur les populations des principaux ravageurs affectant les différentes phases de développement et la croissance du tournesol ;

3)      d’observer l’impact des traitements effectués sur les autres espèces sur le sol cultivé ;

4)      de répertorier les espèces invasives (flore) qui doivent être traitées manuellement au sein de la parcelle d’expérimentation.

Encadrant : José Lator / Responsable des essais "tournesol" pour l’UE PEYI / 0590227844 / josé.lator@antilles.inra.fr

Stage attribué à Greg Laurent

Sujet 14 : Phénotypage des composantes du rendement dans une collection de travail d'ignames

Le Centre de Ressources Biologiques des Plantes Tropicales (CRB-PT) héberge 5 collections (ananas, bananes, cannes à sucre, ignames et manguiers) gérées par l’INRA et le CIRAD et les conserve soit au champ, soit sous forme de vitroplants. Son but est de conserver la diversité des plantes cultivées, de les fournir aux instituts de recherche et aux acteurs du développement agricole, et de  mettre à disposition des informations sur les différentes accessions conservées.

Afin de développer les activités de phénotypage sur les ignames (caractérisation phénotypique de traits d'intérêt), une collection de travail a été mise en place pour répondre aux besoins des programmes de recherche conduits en Guadeloupe. Cette collection comporte 15 accessions, qui seront préférentiellement utilisées pour  produire des données de caractérisation. Elle sera replantée chaque année au champ, à la fois pour enregistrer des données, mais aussi pour fournir du matériel de plantation aux équipes de recherche.

Cette collection a été mise au champ pour la première fois en 2016, sur le site INRA de Godet à Petit-Canal. La récolte est programmée sur la période janvier-mars 2017.

L'objectif du stage est de caractériser sur les 15 variétés les composantes du rendement, en quantifiant des traits relatifs à la production de tubercules.

 Encadrants : Denis Cornet et Claudie Pavis, denis.cornet@cirad.fr , claudie.pavis@antilles.inra.fr

Sujet 13 : Mise en place d’une base de données participative

Dans le cadre de mise en œuvre de la charte du PNG et en particulier de l’enjeu « Permettre l’appropriation des questions patrimoniales par la population locale » et de l’axe 3.1.3 Fédérer les acteurs locaux….,l’objectif est d’associer et d’impliquer les prestataires et les plaisanciers (des coeurs du GCSM) dans la connaissance, l’observation et la collecte de données naturalistes pour les sensibiliser aux enjeux de protection et modifier les comportements dans les espaces naturels en prévoyant le retour d’informations et en valorisant les participants.

Méthodologie/ moyens mis en œuvre 

Faire l’inventaire des outils (TIC) et des projets de sciences participatives existants et en projets et proposer une grille d’analyse

Identifier les enjeux biodiversité du GCSM ainsi que les espèces représentatives et proposer une grille d’analyse en lien avec l’action suivante.

Identifier les compétences, les attentes et les besoins des plaisanciers et des partenaires dans le domaine de la biodiversité.

Le stagiaire sera accueilli au sein du pôle milieux marins et pourra compter sur les moyens et les personnels du pôle pour découvrir le territoire, s’approprier la problématique, rencontrer les acteurs et utiliser les ressources de l’établissement.

Contact  : Xavier DELLOUE,   xavier.delloue@guadeloupe-parcnational.fr 

Stage attribué à madame Lola Sultani

Sujet 12 : Analyse du rendement chez l’igname

Il s'agira d'analyser les composantes du rendement d’ignames en fonctions des densités de plantations, de l’enherbement et du niveau de ploïdie

Activités confiées au stagiaire : Récoltes, pesées pour partie et analyses 

Contact : Régis Tournebize regis.tournebize@antilles.inra.fr   06 90 53 71 71

Sujet 11 : Analyse de chroniques de contamination d’eaux de rivière par les pesticides

La contamination durable de l’ensemble de l’écosystème sol -plante-animal par la chlordécone, insecticide utilisé massivement en bananeraie entre 1972 et 1993, pose la question du devenir des pesticides dans l’environnement et de leurs impacts pour les milieux volcaniques et tropicaux. Un dispositif de suivi des pratiques agricoles, de l’hydrologie et de la contamination des eaux de rivière a été installé par un consortium INRA-CIRAD-BRGM-IRD sur les bassins versants de la rivière Pérou et de la rivière des Pères (25 km²) à Capesterre-Belle-Eau en Guadeloupe.

L’objectif du stage est de faire une analyse critique des premiers résultats de concentrations en pesticides dans les eaux des deux rivières suivies dans le cadre de l’Observatoire sur la Pollution agricole aux Antilles. L’étudiant(e) sera amené(e) à participer à des travaux de terrain pour prélever de nouveaux échantillons d’eau.

Contact : Patrick Andrieux, email : patrick.andrieux@antilles.inra.fr

Sujet 10 : Caractérisation de la fixation de l’azote par les symbiotes de 2 Lucinidae tropicaux ; Codakia orbicularis et Lucina pectinata

Il s’agit d’étudier les modalités de la régulation de l’activité de la nitrogénase bactérienne au sein des branchies de ces 2 bivalves en fonction de paramètres  chimiques (quantité de nitrates, d’ammonium, d’O2, etc.)

Activités confiées au stagiaire :
Collecte des bivalves sur le terrain, mise en pratique des protocoles de dosage de la nitrogenase par CPG et par les techniques de biochimie (western blot, immunohistochimie).

Contact : Olivier Gros, email : olivier.gros@univ-ag.fr

Stage attribué à madame Narayassamy