Sujet 17 : Caractérisation des collections bovines

Ce stage comporte une phase d'inventaire et de classement des collections de matériel biologique bovin du CRB CARARE, en allant jusqu'à l'étude de critères "descriptifs" des collections ("phénotypes" et "génotypes"). Il comportera probablement une part de biologie moléculaire, pour des extractions d'ADN avant génotypage. Différentes opérations seront donc à réaliser, depuis la réception et le tri d'échantillons, la saisie d'information dans la base de données pour différents critères descriptifs des collections, et quelques manipulations d'échantillons en vue de leur exploitation.

Encadrant : Michel Naves, michel.naves@antilles.inra.fr

Sujet 16 : Actualisation de la base de données des collections du CRB CARARE

Actualisation de la base de données des collections du CRB CARARE (Caribbean Animal Genetic Resources) suivant le cahier des charges du réseau CRB-Anim.
Le stage sera l'occasion de mettre en forme la BDD du CRB CARARE suivant le cahier des charges du réseau national des CRB animaux, pour tout type d'échantillons (sang, sérum, sperme, embryons, tissus,...) et toute espèce (bovin, ovin, caprin et porcins). Le cahier des charges fait appel a différentes notions de taxonomie, biologie, ontologie et il faudra renseigner les critères de description des différentes collections stockées au CRB, par rapport au référentiel du réseau CRB Anim.

Encadrant: Michel Naves,  michel.Naves@antilles.inra.fr

Sujet 15 : Suivi comparatif de la croissance de lignées de tournesol, évaluation de l’impact de l’itinéraire technique sur la flore et la faune spontanées

La Plateforme Expérimentale du végétal et des agrosystèmes innovants (UE PEYI) du Centre Antilles-Guyane de l’Institut National de la Recherche Agronomique participe depuis plus de vingt à des travaux de recherche conduits autour de l’amélioration variétale du tournesol (Helianthus annuus). Cette plante annuelle de cycle court qui est principalement cultivée dans l’hexagone et dans d’autres pays tempérés, pour la production d’huiles alimentaires, s’adapte parfaitement aux conditions tropicales sous réserve que l’on puisse la protéger d’un certain nombre de bioagresseurs susceptibles d’affecter le développement de la culture. Dans le cadre des programmes d’amélioration variétale du Laboratoire des Interactions Plantes Micro-organismes (LIPM : http://www6.toulouse.inra.fr/lipm) basé à Toulouse, l’UE PEYI offre des conditions idéales pour gagner une génération de multiplication pour des essais classiquement conduits en milieu tempéré. L’objectif de ces essais conduits sur le domaine de l’UE PEYI à Godet sur le territoire de la commune de Petit-Canal est donc de gagner une saison de production en la délocalisant en milieu tropical pendant la saison hivernale, de manière à faire évoluer deux fois plus vite (mise à profit de la contre-saison), les choix que l’on peut faire sur les différents génotypes évalués. Le travail étant complètement organisé autour du matériel génétique proposé par le LIPM, l’itinéraire technique qui est suivi a pour but premier de multiplier les lignées prometteuses de tournesol en limitant les risques d’incidence du pathosystème environnant. Les essais sont donc conduits selon des méthodes agricoles conventionnelles en utilisant des engrais minéraux et un certain nombre de molécules biocides, autant d’intrants de synthèse susceptibles d’affecter la vie biologique du sol.

Le stage proposé a donc comme objectif :

1)      de suivre l’évolution de la croissance et du développement des différentes lignées proposées par le LIPM ;

2)      de contrôler l’impact des biocides de synthèse sur les populations des principaux ravageurs affectant les différentes phases de développement et la croissance du tournesol ;

3)      d’observer l’impact des traitements effectués sur les autres espèces sur le sol cultivé ;

4)      de répertorier les espèces invasives (flore) qui doivent être traitées manuellement au sein de la parcelle d’expérimentation.

Encadrant : José Lator / Responsable des essais "tournesol" pour l’UE PEYI / 0590227844 / josé.lator@antilles.inra.fr

Stage attribué à Greg Laurent

Sujet 14 : Phénotypage des composantes du rendement dans une collection de travail d'ignames

Le Centre de Ressources Biologiques des Plantes Tropicales (CRB-PT) héberge 5 collections (ananas, bananes, cannes à sucre, ignames et manguiers) gérées par l’INRA et le CIRAD et les conserve soit au champ, soit sous forme de vitroplants. Son but est de conserver la diversité des plantes cultivées, de les fournir aux instituts de recherche et aux acteurs du développement agricole, et de  mettre à disposition des informations sur les différentes accessions conservées.

Afin de développer les activités de phénotypage sur les ignames (caractérisation phénotypique de traits d'intérêt), une collection de travail a été mise en place pour répondre aux besoins des programmes de recherche conduits en Guadeloupe. Cette collection comporte 15 accessions, qui seront préférentiellement utilisées pour  produire des données de caractérisation. Elle sera replantée chaque année au champ, à la fois pour enregistrer des données, mais aussi pour fournir du matériel de plantation aux équipes de recherche.

Cette collection a été mise au champ pour la première fois en 2016, sur le site INRA de Godet à Petit-Canal. La récolte est programmée sur la période janvier-mars 2017.

L'objectif du stage est de caractériser sur les 15 variétés les composantes du rendement, en quantifiant des traits relatifs à la production de tubercules.

 Encadrants : Denis Cornet et Claudie Pavis, denis.cornet@cirad.fr , claudie.pavis@antilles.inra.fr

Sujet 13 : Mise en place d’une base de données participative

Dans le cadre de mise en œuvre de la charte du PNG et en particulier de l’enjeu « Permettre l’appropriation des questions patrimoniales par la population locale » et de l’axe 3.1.3 Fédérer les acteurs locaux….,l’objectif est d’associer et d’impliquer les prestataires et les plaisanciers (des coeurs du GCSM) dans la connaissance, l’observation et la collecte de données naturalistes pour les sensibiliser aux enjeux de protection et modifier les comportements dans les espaces naturels en prévoyant le retour d’informations et en valorisant les participants.

Méthodologie/ moyens mis en œuvre 

Faire l’inventaire des outils (TIC) et des projets de sciences participatives existants et en projets et proposer une grille d’analyse

Identifier les enjeux biodiversité du GCSM ainsi que les espèces représentatives et proposer une grille d’analyse en lien avec l’action suivante.

Identifier les compétences, les attentes et les besoins des plaisanciers et des partenaires dans le domaine de la biodiversité.

Le stagiaire sera accueilli au sein du pôle milieux marins et pourra compter sur les moyens et les personnels du pôle pour découvrir le territoire, s’approprier la problématique, rencontrer les acteurs et utiliser les ressources de l’établissement.

Contact  : Xavier DELLOUE,   xavier.delloue@guadeloupe-parcnational.fr 

Stage attribué à madame Lola Sultani

Sujet 12 : Analyse du rendement chez l’igname

Il s'agira d'analyser les composantes du rendement d’ignames en fonctions des densités de plantations, de l’enherbement et du niveau de ploïdie

Activités confiées au stagiaire : Récoltes, pesées pour partie et analyses 

Contact : Régis Tournebize regis.tournebize@antilles.inra.fr   06 90 53 71 71

Sujet 11 : Analyse de chroniques de contamination d’eaux de rivière par les pesticides

La contamination durable de l’ensemble de l’écosystème sol -plante-animal par la chlordécone, insecticide utilisé massivement en bananeraie entre 1972 et 1993, pose la question du devenir des pesticides dans l’environnement et de leurs impacts pour les milieux volcaniques et tropicaux. Un dispositif de suivi des pratiques agricoles, de l’hydrologie et de la contamination des eaux de rivière a été installé par un consortium INRA-CIRAD-BRGM-IRD sur les bassins versants de la rivière Pérou et de la rivière des Pères (25 km²) à Capesterre-Belle-Eau en Guadeloupe.

L’objectif du stage est de faire une analyse critique des premiers résultats de concentrations en pesticides dans les eaux des deux rivières suivies dans le cadre de l’Observatoire sur la Pollution agricole aux Antilles. L’étudiant(e) sera amené(e) à participer à des travaux de terrain pour prélever de nouveaux échantillons d’eau.

Contact : Patrick Andrieux, email : patrick.andrieux@antilles.inra.fr

Sujet 10 : Caractérisation de la fixation de l’azote par les symbiotes de 2 Lucinidae tropicaux ; Codakia orbicularis et Lucina pectinata

Il s’agit d’étudier les modalités de la régulation de l’activité de la nitrogénase bactérienne au sein des branchies de ces 2 bivalves en fonction de paramètres  chimiques (quantité de nitrates, d’ammonium, d’O2, etc.)

Activités confiées au stagiaire :
Collecte des bivalves sur le terrain, mise en pratique des protocoles de dosage de la nitrogenase par CPG et par les techniques de biochimie (western blot, immunohistochimie).

Contact : Olivier Gros, email : olivier.gros@univ-ag.fr

Stage attribué à madame Narayassamy

Sujet 9: Evaluation de l’assainissement viral de vitroplants d’igname

Le Centre de Ressources Biologiques des Plantes Tropicales (CRB-PT) héberge 5 collections (ananas, bananes, cannes à sucre, ignames et manguiers) gérées par l’INRA et le CIRAD et les conserve soit au champ, soit sous forme de vitroplants. Son but est de conserver la diversité des plantes antillaises, de les fournir aux agriculteurs et instituts de recherche, et de  mettre à disposition des informations sur les différentes accessions conservées. 

Afin de garantir leur état sanitaire pour leur diffusion à l’internationale, les accessions d’igname conservées in vitro par l’INRA doivent être débarrassées de tout virus. Or les ignames, de par leur mode de reproduction végétatif, accumulent les virus et la plupart des accessions d’igname conservées sous forme de vitroplants contiennent un ou plusieurs virus de genres différents. En effet, 6 genres viraux distincts ont été détectés en Guadeloupe (Ampelovirus, Badnavirus, Macluravirus, Potexvirus, Potyvirus et un genre de Secoviridea). Ainsi, l’INRA a mis en place une activité d’assainissement de toute sa collection conservée in vitro grâce à l’action couplée de la thermothérapie et la culture de méristème. L’efficacité de cette technique est vérifiée par des tests de détection génériques ou spécifiques basés sur la technique de PCR (RT-PCR et IC-PCR).  

L’objectif du stage est donc de s’assurer de l’assainissement d’une série de 15 accessions grâce aux techniques de détection précitées. 

Contact : Mme Marie Umber, email : marie.umber@antilles.inra.fr

Sujet 8 : Conservation d’espèces rares de la Guadeloupe

La connaissance et la conservation du patrimoine floristique de l’archipel Guadeloupéen constituent les missions cœurs du Conservatoire botanique des îles de Guadeloupe (CBIG). 

Plusieurs espèces rares et menacées ont été identifiées comme candidates à la mise en place de programmes de conservation. L’objectif principal de ce stage sera de collecter des graines (ou fruits) des espèces cibles au sein de plusieurs populations de l’archipel, d’évaluer le temps de germination avec ou sans levée de dormance (scarification ou abrasion mécanique du tégument), d’adapter le protocole de germination aux spécificités des espèces ciblées et aux difficultés de germination rencontrées et de réaliser des mesures morphométriques sur les plantules lorsque cela sera possible. Parallèlement à ces tests de germination, des tests de multiplication végétative seront menés sur certaines espèces ligneuses menacées. Les expérimentations seront réalisées sous la serre du CBIG à Basse Terre.

Contact : Mme Eleonore Mira, email expertise@cbig.fr

  

Sujet 7 : Évaluation de la valeur alimentaire de pois pour l'alimentation animale par la méthode de dégradabilité in sacco

Un projet de recherches est en cours sur l’évaluation multicritères (valeur alimentaire et alicamentaire, impact environnemental) de ressources végétales consommées par les animaux d’élevage. Dans le cadre de ce projet nous évaluons la valeur alimentaire de légumineuses, dont les pois, par la méthode de dégradabilité in sacco.

Activités confiées au stagiaire :

• Bibliographie sur la productivité des pois et leur valeur alimentaire et autres• Introduction d'aliments dans des sachets de nylon et pesées des sachets • Introductions et retraits de sachets de nylon dans l'estomac de ruminants équipés de canules• Lavages, séchages et pesées de pois• Analyses de laboratoire• Analyses de données• Rédaction de compte rendu d'expérimentation

Contact : Harry Archimède, email : Harry.Archimede@antilles.inra.fr

Sujet 6 : Rôle de la méiofaune pour les jeunes stades de poisson dans la mangrove

Les mangroves jouent un rôle d’habitat pour de nombreuses espèces et sont donc cruciales dans la gestion de la biodiversité.Ce rôle de nurserie,  particulièrement important pour les juvéniles de poissons, s’explique principalement par deux raisons : i) la structure physique des racines de palétuviers constitue un excellent abri pour les poissons ce qui limite leur prédation et ii) les mangroves fournissent une grosse quantité de nourriture appropriée pour les juvéniles de poissons. Cependant l’alimentation des juvéniles de poissons de mangrove est peu connue. Le rôle de la méiofaune dans ces régimes alimentaires est supposé mais n’a jamais été quantifié. 
L’objectif de ce stage est de déterminer le rôle des mangroves de Guadeloupe pour les poissons marins pendant leurs premiers stades de vie. Un premier volet de ce travail évaluera les structures de communauté de larves de poissons dans les mangroves et le deuxième volet déterminera le régime alimentaire de ces juvéniles. 

Contact : Pierre-Yves Pascal, email : pierre-yves.pascal@univ-ag.fr

Stage attribué à madame Gaman 

Sujet 5 : Amplification par bouturage d’une population de porte-greffes tétraploïdes d’agrume

Les porte-greffes chez les agrumes sont apomictiques en raison de leur polyembryonie nucellaire. Ils peuvent donc être multipliés par semis tout en assurant une multiplication clonale (c’est-à-dire à l’identique). De même, le doublement chromosomique des cellules des embryons somatiques entrainent l’apparition de plants tétraploïdes (4x) au lieu de diploïdes (2x). Nous avons monté que les porte-greffes 4x d’agrumes confèrent une meilleure tolérance à la salinité et à la sécheresse que leurs 2x respectifs (Saleh et al., 2008 ; Mouhaya et al, 2010 ; Allario et al., 2013). Ce type de porte-greffe présente un intérêt important pour l’agrumiculture. Nous avons développé récemment par hybridation une population d’une centaine d’individus de porte-greffes 4x [citrumelo 4475 (4x) ×citrus volkameriana 4x]. Ce matériel a donc hérité de différents traits d’adaptation. Le matériel végétal est actuellement en croissance en serre et ne produit donc pas encore de graines. Pour évaluer les propriétés de tolérance au déficit hydrique de ce matériel il est nécessaire de l’amplifier par bouturage.

Contact : Raphael Morillon, email : morillon@cirad.fr

Sujet 4 : Conception d’un système de production agro-écologique en réponse aux enjeux du changement climatique

Dans le contexte actuel des changements globaux, l’agriculture doit relever des défis majeurs : celui de nourrir 9 milliards de personne à l’horizon 2050, et celui de s’adapter au changement climatique et d’atténuer son ampleur, tout en intégrant les principes du développement durable en particulier en matière de respect de l’environnement (Campbell, 2014 ; Tubiello, 2015). Ces nouveaux enjeux sont particulièrement prégnants dans les zones tropicales et les territoires insulaires (GIEC, 2007 ; Dewi, 2009 ; CGIAR, 2012). La Guadeloupe aborde ces enjeux avec une agriculture qui fait déjà face à de nombreuses contraintes (pollution des sols à la chlordécone, faible autonomie alimentaire, dépendance économique, etc.). Ainsi, en Guadeloupe, comme dans de nombreux territoires, l’agriculture doit relever le triple défi de 1) mieux conjuguer performances économiques, sociales et environnementales de l’agriculture, 2) adapter les systèmes agricoles au changement climatique et atténuer son ampleur, 3) assurer l’autonomie alimentaire du  territoire. Le stage proposé s’insère dans un programme de recherche de l’INRA visant à la conception de systèmes de production agro-écologiques permettant de répondre à ce triple défi. Il visera plus particulièrement à contribuer au design d’un système de production innovant basé sur les principes de l’agro-écologie et à son installation expérimentale.

Contact : Jean-Marc Blazy email : jean-marc.blazy@antilles.inra.fr

Sujet 3 : Etude expérimentale de la (re)colonisation des prairies inondables par Pterocarpus officinalis

La forêt marécageuse à Pterocarpus officinalis constitue un écosystème original, propre à la région Caraïbe. Ayant disparu ou fortement régressée sur l’ensemble de son territoire, cette forêt fait l’objet de nos jours d’efforts de conservation, de réhabilitation, voire de restauration. L’objectif de ce stage est de participer au suivi du couvert végétal au sein d’une station expérimentale située en lisière forestière, et protégée du pâturage bovin. Ce suivi consiste à inventorier et cartographier les modifications récentes du couvert végétal de la station, et à suivre la croissance de jeunes arbres implantés dans diverses situations écologiques.

Contact : Daniel Imbert sur daniel.imbert@univ-ag.fr

Sujet 2 : Etude comparative de la régénération des ligneux dans des formations dominées par Leucaena leucocephala ou par Dichrostachys cinerea en région sèche

La plupart des espaces naturels des régions sèches des Antilles sont dégradés par diverses activités agricoles présentes et passées. La dynamique végétale qui s’installe après chaque événement perturbateur est complexe. Elle passe par des stades successionnels dont certains sont dominés par l’une de ces deux espèces ligneuses : Leucaena leucocephala et Dichrostachys cinerea. Il s'agira d’inventorier et d'analyser le cortège floristique du sous-bois de ces peuplements ligneux pour préciser le rôle de ces 2 espèces dominantes dans la dynamique forestière naturelle, et mieux comprendre la place qu’elles pourraient occuper dans une stratégie de réhabilitation du couvert forestier en région sèche.

Contact : Daniel Imbert sur daniel.imbert@univ-ag.fr

Sujet 1 : Étude de la résistance à la plasmolyse cellulaire de palétuviers dans les mangroves de Guadeloupe

L'état hydrique des plantes est couramment caractérisé en écophysiologie, par le potentiel hydrique foliaire, mesuré sur des feuilles avec une chambre à pression Scholander. En situation de contrainte hydrique, les plantes perdent de l'eau ce qui entraîne une diminution de la teneur en eau dans les feuilles et une diminution du potentiel hydrique foliaire. La relation entre la teneur en eau et le potentiel hydrique des plantes permet de réaliser des courbes pression-volume, dont les paramètres permettent d'évaluer la capacité des cellules foliaires à résister à la déshydratation. Plusieurs auteurs tels que Bartlett, Scoffoni & Sack (2012) décrivent l'intérêt d'une telle approche pour comparer la résistance au dessèchement des plantes.

L'objectif de ce stage sera d'améliorer la méthode traditionnellement utilisée (Tyree & Hammel 1972; Turner 1988; Koide et al. 1989) lourde et chronophage, par une méthode osmométrique 30 fois plus rapide basée sur la mesure du potentiel osmotique à pleine hydratation (Bartlett et al. 2012). Les espèces qui seront étudiées lors de cette comparaison méthodologique seront des palétuviers (Avicennia germinans, Avicennia schaueriana, Rhizophora mangle, Laguncularia racemosa). Le stagiaire caractérisera donc aussi la résistance cellulaire au dessèchement d’espèces de mangrove en fin de saison humide. 

Contact : Mme Maguy Dulormne sur maguy.dulormne@univ-ag.fr

Stage attribué à madame MAJOURAU Pauline

Bienvenue aux étudiants de la promotion 2016-2017 !

Bonjour à tous

Comme les années précédentes, ce blog est conçu pour vous aider dans le choix de votre stage de M1 du master ECOTROP. Les sujets qui sont ouverts cette année sont ceux qui apparaitront au dessus de ce message et seront affichés en temps réel...venez-y très régulièrement.

Les dates de stage cette année vous seront données sous peu.

Pour optimiser l'aide qu'apporte ce blog, il faut suivre la démarche suivante :
1-l'un de ces sujets vous plaît, contactez d'abord la personne dont le mail figure dans l'annonce, pour un entretien (rendez-vous, visio, téléphone...). Aucun stage n'est alloué sans discussion préliminaire avec le maître de stage.
2-vous êtes retenu sur le stage: votre maître de stage nous contactera et votre nom apparaîtra dans l'annonce qui sera visible de tous...ce stage ne sera plus accessible et vous sera donc réservé.
La fonction "commentaires" permet de poser directement une question au gestionnaire du blog et ce, pour chaque sujet proposé.

Si de votre côté, vous dénichez un stage qu'il vous plairait d'effectuer, demandez au proposant de prendre contact avec Daniel Imbert sur daniel.imbert@univ-ag.fr

Bonne lecture et bon choix!

D. Monti